Urutan keempat dalam seri Perintis Pandemi kami adalah duo suami-istri Agnel dan Sony, yang bersama-sama telah menciptakan mega-database yang telah terbukti vital dalam perjuangan global melawan Covid-19.

Butuh Swab Test Jakarta ?

“CoVal pada dasarnya adalah sebuah jembatan. Kami sedang membangun jembatan.”

Demikian kata ahli biologi komputasi berusia 34 tahun Sony Malhotra, setengah dari tim suami dan istri yang berbasis di Departemen Komputasi Ilmiah PKC-EM, Laboratorium Rutherford Appleton di Kampus Sains dan Inovasi Harwell di luar Oxford. Di sampingnya duduk rekannya, Agnel Praveen Joseph, 37 tahun, Ilmuwan Komputasi Senior dan anggota Satuan Tugas Struktur Virus Corona.

Bersama-sama ‘pasangan kekuatan’ ilmiah ini, kedua anggota terhormat dari Departemen Komputasi Ilmiah STFC telah mengubah proyek hewan peliharaan akhir pekan mereka menjadi mega-database yang disetujui COG Inggris yang sudah terbukti vital dalam perang global melawan Covid-19.

“Saya pikir ide itu datang saat makan siang” kata Agnel merendah.

“Itu sebenarnya ketika kami membagi penitipan anak” tambah Sony, “pembibitan ditutup sehingga salah satu dari kami bekerja di pagi hari, yang lain di sore hari. Saya memiliki pengalaman dengan data genomik dan mengembangkan server web, Agnel tahu tentang struktur Cryo-EM. Kami terjebak di rumah yang sama, jadi kami hanya berpikir untuk menyatukan keahlian kami.”

“Mikroskop elektron kriogenik hanyalah cara untuk melihat molekul di dalam sel” jelas Agnel. “Saya telah mempelajari struktur 3D ini untuk waktu yang lama. Dan model-model ini sering kali datang dengan kesalahan dan ambiguitas.”

“Jadi kami seperti, ‘mungkin lebih baik melihatnya secara lebih sistematis daripada hanya satu struktur pada satu waktu'” tambah Sony.

Dengan demikian CoVal (‘Validasi Struktur Covid’) lahir.

“CoVal pada dasarnya adalah database dari semua mutasi pada genom SARS-CoV-2” lanjutnya. “Ini memberi Anda daftar mutasi dari varian, dan lokasi geografis mutasi tersebut, dan memetakannya ke struktur tiga dimensi dan seberapa bagus kualitas struktur itu.”

“Biasanya kedua data dilihat secara independen – pengurutan genom adalah rangkaian eksperimen yang berbeda dari data untuk penentuan struktural. Tidak ada sumber daya standar yang menghubungkan keduanya, jadi jika kita membangun jembatan antara dua data ini dan mencoba memetakan varian informasi genom ke dalam struktur, akan membantu untuk melihat struktur dalam konteks mutasi, dan dampak varian pada struktur.”

Mengapa database ini belum ada?

“Data semacam ini disimpan di arsip yang berbeda. Sangat sulit bagi seorang non-ahli atau bahkan seorang dokter untuk menghubungkan keduanya, jumlahnya tidak cocok, ID tidak cocok, hal-hal semacam itu. Jadi, saya kira Covid memaksa tangan kita.”

CoVal, yang telah menampung sekitar setengah juta mutasi, dan tersedia sebagai alat di situs web COG-UK (konsorsium genomik Inggris COVID-19) untuk analisis data publik. “Siapa saja yang berminat dapat mengaksesnya” kata Sony dengan bangga. Anda tidak perlu membuktikan bahwa Anda adalah seorang dokter.”

Pasangan yang bertemu di National Center for Biological Sciences di Bangalore pada tahun 2012 ini mengakui bahwa perjalanan cinta sejati tidak selalu berjalan mulus.

“Ini agak filmy” tawa Sony. “Kami tidak bisa berdiri satu sama lain pada awalnya.”

“Saya adalah rekan pasca-doktoral di grup yang sama” jelas Agnel. “Butuh beberapa bulan bagi kami untuk berbicara dan mengenal satu sama lain.

Pasangan itu menikah pada 2013 dan sekarang memiliki seorang putri berusia empat tahun. Tapi apakah persaingan profesional mereka bertahan?

“Saya tidak tahu apakah Anda bisa menyebutnya persaingan” kata Agnel. “Ini seperti dua otak yang berbeda memikirkan hal yang sama, jadi terkadang ada bentrokan. Tapi saya hormati itu, karena kalau kita sepakat dalam segala hal itu tidak menarik kan?”

Penciptaan CoVal memang melibatkan pengorbanan lain. “Saya tahu cara memprogram dan saya memiliki prototipe. Saya hanya harus memindahkan semuanya ke Coronavirus” kata Sony. Dia mengaku menghabiskan setidaknya enam minggu waktu luangnya sejauh ini untuk menjalankan dan menjalankan CoVal, sementara Agnel membantu pemrosesan data. “Saya tidak dibayar untuk itu. Saya pada dasarnya melakukannya baik di malam hari atau di akhir pekan. Tapi itu terbayar.”

Seperti banyak orang yang bekerja di Harwell, pasangan ini menghargai peluang kolaboratif yang ditawarkan lingkungan seperti itu. “Kami memiliki segalanya di situs” kata Sony. “Bahkan selain dari CoVal, proyek yang saya lakukan sangat kolaboratif, saya bekerja dengan Pusat Pencitraan Bio Elektron, Proyek Komputasi Kolaborasi untuk mikroskop krio elektron dan Sumber Cahaya Berlian sehingga Anda memiliki semua keahlian ini di lokasi, ditambah sebagai ilmuwan data Anda memiliki akses ke semua data ini jadi itu sangat berguna.”

Rekomendasi Swab Test Jakarta Yang Nyaman

Jadi bagaimana masa depan CoVal?

“Yah, Corona tidak akan pergi kan?” kata Sony.

“Kami perlu melacak varian baru selama beberapa tahun ke depan dan memahami dampaknya” tambah Agnel. “Misalnya kami melihat lebih dekat pada varian India saat ini, mutasi ganda yang merupakan varian yang menjadi perhatian.”